Secara Historis Desa Beginjan merupakan Kelurahaan Sebemban yang bertempat di Beginjan di jabat oleh seorang mangku bernama “Bakar” kemudian diganti oleh “Martinus Tapot” pada tahun 1960 an.

Kemudian pada tahun yang sama terdapat program pemerintah pusat tentang pemekaran wilayah kelurahaan Sebemban. Sehingga pada tahun 1962 resmilah Beginjan menjadi sebuah Desa mandiri diluar wilayah kelurahaan  Sebemban dibawah pimpinan “Martinus Mangku Tapot” sebagai kepala desa terhitung dari tahun 1962 s/d 1972.

Selanjutnya pada periode tahun 1972 s/d 1982 pemerintahaan Desa Beginjan di bawah pimpinan “Bapak Firmus Dani” yang berakhir pada tahun 1982. Kemudian pada periode tahun 1982 s/d 1992 dipimpin oleh “Bapak Jeno Sinyor” yang di dalam pelaksanaan priode kepemimpinannya tidak selesai akibat Meninggal dunia pada tahun 1991 dan kepemimpinannya beralih ke pada “Bapak Dionisius Deron” selaku Plt sampai pada tahun 2002 yang selanjutnya pada tahun 2002 “Bapak Dionisius Deron” dilantik sebagai kepala Desa Beginjan untuk Priode Tahun 2002 s/d 2012. Kemudian selanjutnya kepemimpinan Wilayah Administrsai Desa Beginjan dilanjutkan oleh “Bapak Saifin” untuk periode tahun 2013 s/d 2018.

Pada akhir masa jabatannya “Bapak Saifin” untuk pertama kalinya melaksanakan Pemilihan Kepala Desa yang difasilitasi langsung oleh Negara sesuai Amanah Undang-undang dan Peraturan Menteri Dalam Negeri No 112 Tahun 2014 (Berita Negara Republik Indonesia Tahun 2014 Nomor 2092) dan terpilihlah “Bapak Sutardi” yang secara definitif ditetapkan pada tanggal 25 Maret 2019 menjadi Kepala Desa Beginjan untuk Periode tahun 2019 s/d 2025.

Dalam peta wilayah,  Desa Beginjan merupakan salah satu desa yang terletak cukup jauh dari kota Kecamatan yakni kurang lebih 12 Km. Dimana penduduk aslinya mayoritas dari Suku Dayak dan beragama Kristen Katolik. Seiring perkembangan jaman dan berdasarkan hasil Pemetaan Pemerintah Wilayah Administrasi Desa Beginjan dibagi menjadi 5 (lima) Dusun  yakni  Dusun Padu, Dusun, Beginjan, Dusun Perupuk, Dusun Sungai Ronggas dan Dusun Durian Baru.